MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Borrelia burgdorferi JD1 plasmid JD1 lp36

Total Repeats: 302

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017411	ATGG	2	8	457	464	25 %	25 %	50 %	0 %	387826841
2	NC_017411	A	6	6	495	500	100 %	0 %	0 %	0 %	387826841
3	NC_017411	AAATT	2	10	503	512	60 %	40 %	0 %	0 %	387826841
4	NC_017411	ATT	2	6	567	572	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826841
5	NC_017411	TAA	2	6	605	610	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826841
6	NC_017411	A	7	7	695	701	100 %	0 %	0 %	0 %	387826841
7	NC_017411	TGT	2	6	721	726	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826841
8	NC_017411	AGA	2	6	783	788	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826841
9	NC_017411	TTG	2	6	789	794	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826841
10	NC_017411	ATT	2	6	2440	2445	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826842
11	NC_017411	TGC	2	6	2467	2472	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826842
12	NC_017411	CTCA	2	8	2494	2501	25 %	25 %	0 %	50 %	387826842
13	NC_017411	GTC	2	6	2527	2532	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826842
14	NC_017411	T	6	6	2533	2538	0 %	100 %	0 %	0 %	387826842
15	NC_017411	TAC	2	6	2622	2627	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826842
16	NC_017411	TTC	2	6	2780	2785	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826842
17	NC_017411	ATTA	2	8	2824	2831	50 %	50 %	0 %	0 %	387826842
18	NC_017411	T	6	6	2853	2858	0 %	100 %	0 %	0 %	387826842
19	NC_017411	TGA	2	6	2860	2865	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826842
20	NC_017411	GAG	2	6	2889	2894	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387826842
21	NC_017411	T	7	7	2930	2936	0 %	100 %	0 %	0 %	387826842
22	NC_017411	T	6	6	2950	2955	0 %	100 %	0 %	0 %	387826842
23	NC_017411	ATC	2	6	2968	2973	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826842
24	NC_017411	T	6	6	3024	3029	0 %	100 %	0 %	0 %	387826842
25	NC_017411	TCA	2	6	3113	3118	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826842
26	NC_017411	ATT	2	6	3149	3154	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826842
27	NC_017411	AAT	2	6	3604	3609	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826843
28	NC_017411	AT	3	6	3637	3642	50 %	50 %	0 %	0 %	387826843
29	NC_017411	A	6	6	3661	3666	100 %	0 %	0 %	0 %	387826843
30	NC_017411	T	8	8	3669	3676	0 %	100 %	0 %	0 %	387826843
31	NC_017411	T	6	6	3778	3783	0 %	100 %	0 %	0 %	387826843
32	NC_017411	TAAT	2	8	3793	3800	50 %	50 %	0 %	0 %	387826843
33	NC_017411	A	6	6	3955	3960	100 %	0 %	0 %	0 %	387826844
34	NC_017411	ATT	2	6	3980	3985	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826844
35	NC_017411	TTCTTT	2	12	3986	3997	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	387826844
36	NC_017411	TATT	2	8	4033	4040	25 %	75 %	0 %	0 %	387826844
37	NC_017411	TAAA	2	8	4067	4074	75 %	25 %	0 %	0 %	387826844
38	NC_017411	ATA	2	6	5325	5330	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826845
39	NC_017411	T	8	8	5357	5364	0 %	100 %	0 %	0 %	387826845
40	NC_017411	GAA	2	6	5402	5407	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826845
41	NC_017411	C	6	6	5559	5564	0 %	0 %	0 %	100 %	387826845
42	NC_017411	TAAT	2	8	5573	5580	50 %	50 %	0 %	0 %	387826845
43	NC_017411	T	7	7	5608	5614	0 %	100 %	0 %	0 %	387826845
44	NC_017411	CTG	2	6	5615	5620	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826845
45	NC_017411	T	6	6	5638	5643	0 %	100 %	0 %	0 %	387826845
46	NC_017411	AT	4	8	5660	5667	50 %	50 %	0 %	0 %	387826845
47	NC_017411	A	9	9	5758	5766	100 %	0 %	0 %	0 %	387826845
48	NC_017411	ATT	2	6	5790	5795	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826845
49	NC_017411	TTA	2	6	5800	5805	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826845
50	NC_017411	AGA	2	6	5853	5858	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826845
51	NC_017411	T	6	6	5926	5931	0 %	100 %	0 %	0 %	387826845
52	NC_017411	TGA	2	6	5952	5957	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826845
53	NC_017411	AT	3	6	5988	5993	50 %	50 %	0 %	0 %	387826845
54	NC_017411	ATAA	2	8	7447	7454	75 %	25 %	0 %	0 %	387826846
55	NC_017411	ATTT	2	8	7458	7465	25 %	75 %	0 %	0 %	387826846
56	NC_017411	TAA	2	6	7495	7500	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826846
57	NC_017411	A	6	6	7554	7559	100 %	0 %	0 %	0 %	387826846
58	NC_017411	TGC	2	6	7584	7589	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826846
59	NC_017411	CATATA	2	12	7607	7618	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	387826846
60	NC_017411	TTCTT	2	10	7624	7633	0 %	80 %	0 %	20 %	387826846
61	NC_017411	TAG	2	6	7656	7661	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826846
62	NC_017411	ATAA	2	8	7742	7749	75 %	25 %	0 %	0 %	387826846
63	NC_017411	A	7	7	7754	7760	100 %	0 %	0 %	0 %	387826846
64	NC_017411	T	9	9	7772	7780	0 %	100 %	0 %	0 %	387826846
65	NC_017411	CTT	2	6	7788	7793	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826846
66	NC_017411	TGA	2	6	7863	7868	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826846
67	NC_017411	GAT	2	6	7874	7879	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826846
68	NC_017411	TAAA	2	8	7941	7948	75 %	25 %	0 %	0 %	387826846
69	NC_017411	TAA	2	6	7969	7974	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826846
70	NC_017411	GTT	2	6	7976	7981	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826846
71	NC_017411	AGA	2	6	8068	8073	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826846
72	NC_017411	GAAG	2	8	8117	8124	50 %	0 %	50 %	0 %	387826846
73	NC_017411	A	6	6	8174	8179	100 %	0 %	0 %	0 %	387826846
74	NC_017411	TGTTT	2	10	8196	8205	0 %	80 %	20 %	0 %	387826846
75	NC_017411	TGA	2	6	8206	8211	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826846
76	NC_017411	TTAAT	2	10	8244	8253	40 %	60 %	0 %	0 %	387826846
77	NC_017411	T	6	6	8285	8290	0 %	100 %	0 %	0 %	387826846
78	NC_017411	GCAT	2	8	8306	8313	25 %	25 %	25 %	25 %	387826846
79	NC_017411	GTT	2	6	8347	8352	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826846
80	NC_017411	CTG	2	6	8367	8372	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387826846
81	NC_017411	ATAA	2	8	8408	8415	75 %	25 %	0 %	0 %	387826846
82	NC_017411	ATG	2	6	8445	8450	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826846
83	NC_017411	TAA	2	6	8469	8474	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826846
84	NC_017411	A	6	6	8507	8512	100 %	0 %	0 %	0 %	387826846
85	NC_017411	GAT	2	6	8548	8553	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826846
86	NC_017411	ATT	2	6	8582	8587	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826846
87	NC_017411	TGAT	2	8	8601	8608	25 %	50 %	25 %	0 %	387826846
88	NC_017411	TAA	2	6	8670	8675	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826846
89	NC_017411	A	6	6	8716	8721	100 %	0 %	0 %	0 %	387826846
90	NC_017411	CAT	2	6	8776	8781	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826846
91	NC_017411	TTG	2	6	8784	8789	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387826846
92	NC_017411	ATG	2	6	8796	8801	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826846
93	NC_017411	ATC	2	6	8828	8833	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826846
94	NC_017411	G	6	6	8842	8847	0 %	0 %	100 %	0 %	387826846
95	NC_017411	A	6	6	8868	8873	100 %	0 %	0 %	0 %	387826846
96	NC_017411	TAA	2	6	8877	8882	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826846
97	NC_017411	AT	3	6	8941	8946	50 %	50 %	0 %	0 %	387826846
98	NC_017411	TGA	2	6	8989	8994	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826846
99	NC_017411	ATT	2	6	9093	9098	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826846
100	NC_017411	A	6	6	9758	9763	100 %	0 %	0 %	0 %	387826847
101	NC_017411	TAT	2	6	9766	9771	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826847
102	NC_017411	GTTTAT	2	12	9780	9791	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	387826847
103	NC_017411	T	6	6	9810	9815	0 %	100 %	0 %	0 %	387826847
104	NC_017411	ACACT	2	10	9918	9927	40 %	20 %	0 %	40 %	387826847
105	NC_017411	AAAAGA	2	12	9934	9945	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	387826847
106	NC_017411	TAA	2	6	9973	9978	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826847
107	NC_017411	AGA	2	6	10007	10012	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826847
108	NC_017411	A	6	6	10022	10027	100 %	0 %	0 %	0 %	387826847
109	NC_017411	CTT	2	6	10034	10039	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826847
110	NC_017411	AAT	3	9	10076	10084	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826847
111	NC_017411	A	6	6	10085	10090	100 %	0 %	0 %	0 %	387826847
112	NC_017411	A	7	7	10102	10108	100 %	0 %	0 %	0 %	387826847
113	NC_017411	TTA	2	6	10124	10129	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826847
114	NC_017411	ATA	2	6	10140	10145	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826847
115	NC_017411	AT	4	8	10148	10155	50 %	50 %	0 %	0 %	387826847
116	NC_017411	A	6	6	10175	10180	100 %	0 %	0 %	0 %	387826847
117	NC_017411	A	6	6	10199	10204	100 %	0 %	0 %	0 %	387826847
118	NC_017411	GCG	2	6	10230	10235	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	387826847
119	NC_017411	GAT	2	6	10253	10258	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387826847
120	NC_017411	CAAGAG	2	12	10295	10306	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	387826847
121	NC_017411	TAGA	2	8	10311	10318	50 %	25 %	25 %	0 %	387826847
122	NC_017411	GAA	2	6	10334	10339	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826847
123	NC_017411	GAA	2	6	10343	10348	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826847
124	NC_017411	AGA	3	9	10351	10359	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826847
125	NC_017411	GAAAA	2	10	10368	10377	80 %	0 %	20 %	0 %	387826847
126	NC_017411	T	6	6	10740	10745	0 %	100 %	0 %	0 %	387826848
127	NC_017411	TAA	2	6	10767	10772	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826848
128	NC_017411	TTTC	2	8	10774	10781	0 %	75 %	0 %	25 %	387826848
129	NC_017411	AAG	2	6	10783	10788	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387826848
130	NC_017411	TA	3	6	10847	10852	50 %	50 %	0 %	0 %	387826848
131	NC_017411	CTT	2	6	10876	10881	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387826848
132	NC_017411	TAA	2	6	10909	10914	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826848
133	NC_017411	ATT	2	6	10967	10972	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826848
134	NC_017411	CTA	2	6	11079	11084	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387826848
135	NC_017411	TAT	2	6	11096	11101	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387826848
136	NC_017411	AATCAA	2	12	11107	11118	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	387826848
137	NC_017411	AAT	2	6	11153	11158	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387826848
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302	NC_017411	AT	3	6	22247	22252	50 %	50 %	0 %	0 %	387826858

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.